清乾隆后期（约公元 1786-1795年间），寺庙遭遇火灾，所有庙宇焚毁殆尽。
清道光18年（公元1838年），长江、嘉陵江发特大洪水，本地士绅任正玉临江宅邸被淹。时值其妻吴氏临产，任求告菩萨保佑，并许愿洪水退去后重建庙宇。不久洪水退去，吴氏顺利产子。后任正玉还愿倾其家产在龙脊山顶原址，照原貌重建鸿恩寺。
抗战时期，国民政府在龙脊山顶驻扎军队，征用鸿恩寺庙宇为通信连营房，后改作重庆市第十区第二十保国民小学校舍。佛事活动随之停止，僧人星散还俗，最后一任住持汪八（僧名失考）亦返遂宁老家。此后鸿恩寺因年久失修渐成危房，于20世纪50年代后期拆除。鸿恩寺地名沿用至今
